三九集团从创办之初就奉行"高科技、高质量、高效益"的经营思想。不能把产品卖出去的企业家不是好企业家，不能创造效益的企业不是好企业。"艰苦创业，实业报国"因此成为三九集团的经营观念和企业精神。以一流人才办企业，一流设备从事生产、一流产品提供给用户、一流服务奉献于社会，这是三九实业报国的途径。
中国驰名商标 999
经过十多年的不断探索，三九集团逐步建立并形成一套高效的管理机制--三九机制。其核心是： 1、 实行法人代表负责制。领导班子为一个人全权负责，没有副手，责任明确。 2、 实行"四能"管理机制，即"干部能上能下；机构能设能撤；职工能进能出；工资能高能低"，不让机构和职务框死人，而让机构和职务为发展生产力服务，使企业在高效运作中始终保持生机和活力。 3、 实行"岗位工资+效益工资为主体的按劳取酬、按责领薪、按利分红"的工资分配制度，用利益动力来调动企业和个人的积极性。 4、 制约权力、防止腐败、行之有效的监督机制。不受约束的权利必然产生腐败。三九集团在实践中逐渐形成了一套行之有效的监督约束机制，以此来制约权力。它既是推动企业高速前进的车轮，又可以随时保障车轮不出轨。 自南方制药厂创建以来，企业积极实施品牌战略，以慎选拳头产品，严控产品质量，加强知识产权保护等手段，通过将"三九胃泰"这一拳头产品推向市场，拉开了"创三九名牌，树三九形象"的品牌战略，经过数年的不懈努力，使三九品牌越做越大。2000年，三九品牌价值经北京名牌资产评估达73.88亿元，位居医药行业之首，列全国最有价值品牌第十位。1999年三九集团的"999"商标已被正式认定为"中国驰名商标"，成为继"康佳"之后深圳市第二个获此殊荣的名牌。2001年4月"999"商标被评为"中国最高认知率商标"。"999"商标被认定为驰名商标后，三九集团作为该商标的专用权益人，其合法权益不仅在中国受到法律保护，在《保护工业产权巴黎公约》的所有签约成员国国内都应受到特别保护。 在国内，通过独资或合资设立销售分公司、办事处等形式拓展国内市场，十几年的发展，已形成遍布全国的销售网络，在全国地级以上的城市均设有销售网点，形成了健全、完善、高效的营销体系。 在国外，三九集团从1992年开始先后在海外包括香港、俄罗斯、马来西亚、德国、美国、中东、南非、新加坡等十几个国家和地区设立了销售公司，这些公司作为三九集团在海外的窗口，一方面担当着将三九的产品介绍给各国，开拓当地销售市场的任务，另一方面也将国外的优秀品种介绍到国内。目前，三九胃泰冲剂、皮炎平、三九感冒灵冲剂已通过俄罗斯国家卫生部的检验和注册，开创了中国药品在俄罗斯注册的先例，俄罗斯公司的销售正在高速增长。97年正式与德国贝尔公司签定关于独家代理白蛋白在中国市场销售的合约，现正谋求更多方面的合作。海外公司的发展壮大，使三九集团产品市场由国内单一市场成为全球性市场。 三九在成长过程中，得到了中央、军队、各级地方政府的大力支持和帮助，江泽民、李鹏
